2009광명음악축제 사무국은 지난 9월 3일 국가행정안전부가 전국 지자체로 내려보낸 신종 인플루엔자A(H1N1·신종 플루) 확산 방지와 관련한 서한문(전국 지자체에 각종 행사와 축제를 원칙적으로 취소하는 것을 골자로 하는 '신종 플루 확산 관련 지자체 각종 축제 및 행사 운영 지침')을 받고 많은 시간 신중한 검토와 논의를 거쳐 2009광명음악축제 진행에 대한 공식 입장을 밝혔다.

전국의 많은 축제와 행사들이 신종 인플루엔자 때문에 취소, 또는 연기 중인 시점에서, 가장 중요한 국민 안전과 건강을 간과할 수 없었다고 사무국은 전했다. 이어 행정안전부 지침에 따라서 2009광명음악축제는 신종 인플루엔자의 감염 및 확산 방지를 위해 불가피하게 행사 일정을 부분 축소 및 취소하는 방향으로 결정했음을 알렸다.

특히 전국 어린이 창작 동요제, 실용음악 사운드 배틀, B-boy 다이나믹 챔피언쉽 등

3가지 경연대회의 경우, 경연대회 장소가 바이러스 확산이 가장 쉬운 밀폐된 실내인 점과주요 출연진이 신종 인플루엔자 바이러스에 취약한 어린이와 청소년들이라는 점 등이 주요 문제점으로 떠올랐다. 이에 따른 문제 발생 가능성을 놓칠 수 없었기에 부득이하게 이들 3가지 경연대회를 취소하기로 결정했다고 전했다.

'전국 어린이 창작 동요제'와 '실용음악 사운드 배틀'의 경우 참가 지원자들이 보낸 작품들과 관련 서류들을 광명시의 공식 협조 공문과 함께 다시 반송조치할 예정이라고 밝혔다.

또한 9월 25, 26, 27일 3일에 걸쳐 계획된 공연무대들이 대폭 축소되었다. 시민회관 담쟁이 넝쿨, 분수대 공연장, 문화의 거리에 마련될 예정이었던 모든 소규모 공연들은 전면 취소되었으며, 행사 당일 대형 야외 공연장인 시민운동장 특설 무대의 메인 공연들만이 광명시와 광명음악축제 추진위원회의 철저한 안전관리하에 개최될 예정이라고 소개했다.