전남대학교와 통합된 여수대학교, 8년이 지났지만 수산분야 특성화 대학이 아닌 제2의 종합대학교 캠퍼스로 시너지 효과를 전혀 거두지 못하고 있다. 

대학도 문 닫는 시대가 왔다. 2018년 기점으로 대학에 진학하는 학생 수가 전국 대학의 총 입학정원보다 줄어들기 때문이다. 이로 인하여 대학들은 앞 다투어 신입생 유치에 뛰어들고 있다. 지방대는 이미 위기를 느끼고 있으며, 문 닫는 대학까지 발생하였다. 그래서 정부는 지난 2005년부터 대학 통·폐합을 본격적으로 추진해왔다. 대부분 지방 거점 국립대가 인근의 4년제 대학이나 전문대를 통합하는 형식이다. 대표적인 예가 전남대와 여수대의 통폐합이다.

정부는 2005년에 통합된 전남대와 여수대 두 학교에 294억원의 통·폐합 지원 사업비를 주는 대신 16개 유사 중복학과를 통합하도록 하였다. 하지만 통합된 지 8년이 지났지만 경영학부, 영문과, 건축학부 등 유사, 중복학과 통·폐합 작업 부진 등 통합 효과를 제대로 보지 못하고 있다.

두 대학 간에 중복학과 통·폐합 작업 등이 부진한 이유는 종합대간 통합으로 관련학과 교수 학생들 간의 합의도출이 쉽지 않은데다 '광주' 중심의 지역 간 선호도 격차 등이 맞물렸기 때문이다. 구성원이 선호하는 '광주캠퍼스' 중심으로 유사학과를 통합할 경우 여수캠퍼스 공동화와 광주 캠퍼스 공간 부족 등 부작용이 적지 않기 때문이다.

이에 관련하여 매년 여수캠퍼스 100명 이상의 학생이 모집단위간이동(전과) 시기에 광주캠퍼스로 옮기고 있다. 전남대학교 통계자료에 따르면 2012년 전과 최종 합격자는 174명. 이 중 116명(66.67%)은 여수캠퍼스에서 광주캠퍼스로 전과했다. 하지만 광주캠퍼스에서 여수캠퍼스로 전과하는 학생은 2012년의 경우 단 한 명도 없었다. 광주캠퍼스로 전과하는 학생이 매년 100여명 이상이다 보니, 여수캠퍼스에서는 '학생 부족' 현상에 대한 우려의 목소리가 나오고 있다.

여수캠퍼스에 재학중인 A군은 "학부의 소속감을 느끼지 못하고, 취업박람회, 명사초청특강 등 문화적 혜택이 광주캠퍼스에서만 이루어지다 보니 차별을 받는 느낌" 이라고 말했다. 또한 여수캠퍼스에서 광주캠퍼스로 전과한 B군은 "부모님의 희망이 컸으며, 광주캠퍼스가 여수캠퍼스보다 교과 과정의 선택 폭이 더 넓어 전과를 신청하게 되었다"고 말했다.

이러한 문제점들을 해결하기 위해 학교 차원에서도 여러 노력하고 있다. 여수캠퍼스 본부 측은 재학생들의 실력향상과 대학문화 활성화를 위해 취업 설명회, 각종 초청특강, 외국어교육 지원 등 다양한 프로그램을 기획·진행하고 있다. 또한, 커피전문점 등 복지시설을 확충하고 여수캠퍼스만의 장학혜택을 마련하는 다양한 정책을 내세우고도 있다.

2013학년도 전남대학교 학사조직개편에 의해 여수캠퍼스의 영양식품학전공이 광주캠퍼스의 식품영양과학부 확대개편, 식품공학·영양학부가 해양바이오식품공학과로 축소개편되었다.