문창극 국무총리 후보자 측이 후보자가 해군장교로 복무하고 있던 기간에 서울대 대학원 석사과정에 다닌 것을 두고 "당시 관례와 절차에 하자가 없다"라고 해명했다.

문 후보자 인사청문회 준비단은 16일 오후 보도자료를 통해 "40년 전 상황이라 정확히 기억할 수 없으나 군복무 중 서울대 대학원 과정을 다닌 것은 당시 관례와 절차에 하자가 없었다고 한다"라며 "해군본부에서도 오래된 상황이라 보관된 문서가 없으나 상부의 승인을 얻어 적법하게 진행됐다고 밝혀왔다"라고 전했다.

하지만 준비단은 문 후보자가 '어떤 관례와 절차'에 의해 군복무 중에 서울대 대학원 석사과정에 다닐 수 있었는지는 설명하지 않았다. 특히 그가 대학원에 다닐 수 있었던 근거인 '무보직 상태'가 어떻게 1년 반이나 지속됐는지도 밝히지 않았다. 일각에서는 "원래는 군복무 중에 대학원에 다닐 수 없었는데 서울대 출신이어서 규정을 벗어나 편의를 봐줬다"라며 특혜 의혹을 제기하고 있다. 

문 후보자는 해군 학사장교(항해병과)로 복무하고 있던 지난 1974년과 1975년에 서울대 정치학과 대학원 석사과정을 다녔다. 그런데 그가 서울대 대학원을 다닌 1974년에 159명이 사망한 '해군 예인정 침몰사고'(또는 '통영 YTL 침몰사고')와 '육영수 여사 피살 사건'이 터져 전군이 비상상황이었다는 점에서 특혜 논란이 일고 있다.

문 후보자는 지난 1972년 2월 서울대 정치학과를 졸업한 뒤 같은 해 7월부터 해군 학사장교로 군복무를 시작해 지난 1975년 7월 전역했다. 그의 석사학위 논문은 <국제정치에 있어서의 도덕과 권력 : 정치현실주의를 중심으로>(1978)였다.

<중앙일보>의 간부를 지낸 한 언론인은 "당시 많은 대학생들이 교련반대 시위를 벌였는데 혼자서 장교시험을 보러 갔다"라며 "동기생 가운데 같이 어울린 사람이 없을 정도로 철저히 따로 노는 학생이었다"라고 전했다.