2008년 '기획입국설'에 대한 검찰 수사 당시 최종 목표가 노무현 전 대통령이었다는 김경준 전 BBK 대표의 폭로와 관련해, 정의당이 노 전 대통령 공작 수사의 진상을 철저히 규명해야 한다고 주장했다.

<시사저널>은 1일 김 전 BBK 대표가 2011년 하반기부터 2012년 상반기까지 유원일 전 국회의원에게 보낸 편지 12통을 입수해 분석한 결과를 전하면서 "김 전 대표 편지에 따르면 검찰이 당시 노무현 전 대통령을 수사 목표로 정하고 있었다"고 보도했다.

<시사저널>이 공개한 2012년 3월 18일자 편지를 보면 "김기동 검사가 저에게 '기획입국설' 수사 목표가 노무현 대통령이라고 했다"며 "이혜훈·유영하도 조사했지만, 민주당 의원 조사와 강도 차이가 현저히 있었는데, 마치 검찰이 똑같은 강도로 수사한 것 같이 주장하다니..."란 대목을 담고 있다.

2007년 대선 과정에서 논란이 된 '기획입국설'과 관련하여 김 전 대표 자신을 국내로 입국시키려고 한 쪽은 "민주당 쪽이 아니라 박근혜 쪽"이었는데도 검찰이 민주당 의원들에 대한 수사 강도를 높였으며, 그 최종 목표가 노 전 대통령이었다는 주장이다.

이에 대해 최석 정의당 대변인은 1일 브리핑을 통해 "노 전 대통령을 죽음에까지 이르게 한 부당한 표적 수사와 이명박 정권의 공작 정치가 정권 초부터 다방면으로 기획된 것임을 의심할 수 있는 대목"이라고 지적했다.

정의당은 "김 전 대표는 검찰 조사를 받으며, 한나라당이 기획 입국에 연관되어 있음을 밝혔다. 그러나 오히려 검찰은 민주당과의 연계설을 강요했다고 한다"면서 "사실이라면, 검찰은 진실 은폐를 넘어 의도적인 왜곡 수사로 공작 정치에 동조한 것이다. 이를 둘러싼 진상을 철저히 규명해야 한다"고 강조했다.

또한 정의당은 "사실을 날조하고 정치적 수사를 한 것이라면 그대로 묻어둘 수 없는 사안"이라면서 "박근혜 정권뿐 아니라, 이명박 정부의 적폐도 수술대에 올려 발본색원해야 한다"고 주장했다. 이어 정의당은 "뿌리뽑지 않으면 다시 자라나기 마련"이라면서 "전면적인 재조사로 반드시 진실을 드러내야 한다"고 재차 강조했다.