헌법재판소 전원재판부(주심 이공현 재판관)는 4월 27일 재판관 전원 일치 의견으로 '국립대학에서 직접선거의 방법으로 총장 후보자를 선출하는 경우 선거관리를 선거관리위원회에 의무적으로 위탁시키도록 한 교육공무원법 제24조의 3 제1항'은 합헌이라고 결정 내렸다.
또한 헌재 전원재판부(주심 주선회 재판관)는 같은 날 '국립대학 총장 임기만료 후 3월 이내에 후보자를 추천하지 않는 경우 대통령이 교육인적자원부장관의 제청으로 대학총장을 임용하도록 한 교육공무원법 제24조 제6항'도 합헌이라는 결정을 내렸다.(2005헌마1047·1048 병합)
국립대 A교수 등은 "지난해 5월 개정된 이 사건 법률조항들은 학문의 자유와 대학자치에서 유래되는 대학총장 선출에 관련된 자치입법권 등을 침해한다"며 헌법소원심판을 청구했다.
재판부는 결정문에서 "교육공무원법 제24조의 3 제1항은 대학총장 후보자 선정을 위한 직접선거 과정에서 과열·혼탁된 선거운동의 부작용을 막고, 공정한 선거관리를 통해 대학의 신뢰성을 제고하기 위한 것으로 목적의 정당성이 인정된다"고 밝혔다.
재판부는 "국가예산과 공무원이라는 인적조직으로 운용되는 국립대학 선거관리를 공정하게 하기 위해 선관위에 위탁하는 것은 선거 공정성을 확보하기 위한 적절한 방법인 점, 선관위에 위탁하는 경우는 대학총장 후보자를 선정함에 있어 교원의 합의된 방식과 절차에 따라 직접선거에 의한 경우로 한정돼 있는 점, 선거에 관한 모든 사항을 선관위에 위탁하는 것이 아니라 선거관리만을 위탁하는 것이고 그 외 선출방식 등은 대학이 자율적으로 정할 수 있는 점 등을 고려하면 대학자율의 본질적인 부분을 침해했다고 볼 수 없다"고 덧붙였다.
재판부는 또 "국립대학 총장이 임명되지 못한 경우 대통령이 교육부장관의 제청으로 총장을 임용하는 것은 공백상태를 해결하기 위한 적절한 수단이며, 또한 총장 임기만료 후 3개월이 경과한 경우에만 대통령이 권한을 행사하도록 해 대학에게 총장후보자 선출에 대한 자율권을 행사할 충분한 기간과 기회를 제공하고 있는 점, 국립대학 총장 미임명으로 국가행정의 공백이나 불안정상태를 막을 긴급한 필요가 있는 점 등을 고려할 때 대학자율의 본질적인 부분을 침해했다고 볼 수 없다"고 설명했다.
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