2007년 남북정상회담 대화록 실종사건을 수사 중인 검찰이 본질을 비껴간 수사를 하고 있다는 비판을 받고 있다. 최종본이 대통령기록관으로 이관되지 않은 경위는 도외시하고 있으며, 초본이 기록물인지에 대한 논란에도 불구하고 기록물로 미리 규정한 채 관련자 처벌을 위한 수사를 진행하고 있다는 지적이다.

15일 참고인 조사를 받았던 김경수 노무현재단 봉하사업 본부장은 조사 과정에서 드러난 검찰의 태도를 비판했다. <오마이뉴스> 팟캐스트 방송 <이슈 털어주는 남자>(이털남) 인터뷰에서 김 본부장은 "검찰은 최종본 이관 경위에는 관심이 없고 초본을 이관하지 않은 관련자들을 처벌하는 데에만 관심이 있다"고 비판하며 "정말 고의로 누락한 것이라면 검찰이 초본에 그렇게 집중할 이유도 없지 않나"라고 주장했다.

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"최종본 보고시점이 관건인데 검찰이 꽁꽁 숨겨"

"(08년 2월에 진행된 이지원 초기화 작업 때문에 대화록이 누락됐을 가능성이 있다는 한국일보 보도에 대해) 당시 관계자들 이야기를 들어보면 한국일보의 보도내용이 맞을 가능성도 충분히 있다. 초기화 작업 때문에 사실상 2월 1일부터는 이지원의 전자문서 형태로는 (국가기록원에) 넘어가지 않고 종이문서로 출력을 해서 넘겨야 했다. 그래서 최종본이 이지원에 보고된 날이 언제인지가 관건이다. 여기에 대해 조명균 전 비서관과 다른 관계자들의 기억이 엇갈린다. 검찰이 최종본의 보고 날짜만 확인해도 파악이 가능한데 검찰은 꼭꼭 숨겨두고 있다. … 최종본이 마무리된 시점이 12월인 것이 맞다. 국정원이 최종본 한 부를 받아 보관본을 최종적으로 만든 것이 1월 3일이기 때문에 그 전에 수정작업을 마쳤다고 봐야한다. 그러나 그 최종본을 언제 이지원으로 보고했는지는 아직 밝혀지지 않았다. 2월일 가능성을 제시한 이유는 당시 10월 정상회담 이후 합의사항에 관한 회담이 워낙 많고 국내 후속조치도 해야 했기 때문에 당시 담당자였던 조명균 비서관의 업무가 너무 과중해 이지원 보고 등을 처리하는 데 시간이 걸렸을 가능성이 있다."

"검찰, 최종본 이관 안 된 경위엔 관심도 없어"

"(검찰 조사에 대해) 15일 참고인 신분으로 검찰 조사를 10시간 가까이 받았는데 황당한 점이 있었다. 국민들은 왜 최종본 이관이 되지 않았는지가 궁금한 것이니 그것에 대한 사실관계 파악이 우선이어야 하지 않나. 법적용은 진상 규명 이후에 얼마든지 할 수 있는 것인데 사실관계 파악에 대해서는 전혀 물어보지 않았다. 내가 언론에 했던 발언들, 재단에 참고로 낸 자료들을 확인하는 조사를 하더라. 최종본 보고시점은 수사기밀이라고 알려주지 않았다."

"수사의 핵심은 두 가지다. 첫 번째는 처음 녹취록을 풀어 대통령에게 보고해 재검토 지시를 받은 초본이 기록물이냐에 관한 것이고 두 번째는 재검토 지시를 받아 조 전 비서관이 수정작업을 거쳐 만든 최종본이 왜 국가기록원으로 이관되지 않았냐는 것이다. 전자는 서로 주장이 다른 문제이니 나중에 확인하면 되는 것이고 더 중요하고 국민들이 궁금해 하는 것은 후자이다. 또 이것 때문에 사초 실종 논란도 벌어진 것 아닌가. 그런데 검찰은 후자에 대한 조사는 전혀 하지 않고 초본을 놓고 자신들의 논리로 수사하고 있다. 검찰은 회의록 최종본의 이관에는 관심이 없고 초본을 기록물이라 규정하고 초본을 이관시키지 않은 책임자들을 처벌하는 데에만 관심이 있다. 정말 참여정부가 고의로 최종본을 이관시키지 않았다면 초본에 그렇게 집중할 이유도 없는 것 아닌가."