10월6일 교육과학기술부 국정감사 첫날, 민주당 교육과학기술상임위원인 김영진 의원이 "비리 재단 관련해 교과부의 직무유기로 오히려 사학 정상화를 저지하고 있다"고 교과부를 비판했다.
김영진 의원은 "교과부는 2008년 6월까지 세종대, 광운대, 상지대, 조선대 등 4개 사립대학에 대한 정상화에 강력한 의지가 있었으나, 2008년 9월 돌연 정상화 일정이 불투명하다는 이유로 조선대를 비롯한 4개 대학에 임시이사를 선임하기로 입장을 바꾸었다"며 "이로 인해 비리로 퇴출된 구 재단 경영자들이 사학분쟁조정위원회의 정상화 절차에 대해 ‘위원 기피 신청’ 및 ‘의견청취 불참’ 등으로 일관하여 정상화 일정을 4개월 간 고의 지연시켰고, 교과부는 비리 재단의 고의 지연을 핑계로 정상화 대신 임시 이사 선임을 결정했다.사학분쟁조정위원회와 어떠한 상의도 없이 진행된 명백한 범법 행위”라고 질타하였다.
김영진 의원은 2008년 9월 18일, 교과부 이걸우 학술연구정책실장이 ‘사학분쟁조정위원회’에 제시한 '이사회 부존재 상태 학교법인 관련 교과부 입장'이라는 문서를 공개했다. 교과부가 "사분위에서 정상화는 계속 논의하되, 이사회 부존재로 인해 학교현장의 혼란 방지를 위해 한시적 임시이사를 선임하고, 한시적 임시이사는 한시적이고, 시간이 촉박함을 감안하여 이해관계인의 추천보다는 교과부가 중심이 된 중립적 인사를 추천하고, 사분위가 심의한 후 교과부가 선임"하는 교과부의 입장을 전달하고, 9월 24일 전남대 총장과 광주광역시장, 광주지방변호사회장에게 공문을 보내 조선대 임시이사 추천 작업을 진행했다는 것이다.
김영진 의원은 사립학교법 제 24조의 2 ④항에는 “관할청은 사학분쟁조정위원회의 심의결과에 따라야 한다”는 강제 조항이 있으나, “다만 이의가 있을 경우 조정위원회에 재심을 요청할 수 있다”고 추가 명시하고 있는 바, 교과부가 사학분쟁조정위원회에 정상화에 대한 어떠한 이의 신청 없이 임시이사 선임을 추진하는 것은 분명한 범법행위“라고 질타하였다.
또한 “사립학교법 제 25조 ①항, 임시이사 선임의 경우 “이해관계인의 청구 또는 직권으로 조정위원회의 심의를 거쳐 임시이사를 선임하여야 한다”라고 명백히 명시하고 있으나, 교과부는 조정위원회를 무시한 강행을 추진하고 있다“며, ”쿠테타에 의한 불법정부가 아닌 정상적인 정부에서 이런 일이 발생할 수는 없다“며 사학분쟁을 종식시키기 위해 국회에 “사학비리척결진상조사위원회”를 구성할 것을 공식 제안하였다.
이러한 교과부의 임시이사추진 계획이 알려지자 임시이사공대위는 10월2일 사학분쟁조정위원회 앞에서 정귀호 사학분쟁조정위원장의 직무유기를 규탄하며 사퇴를 촉구하는 결의대회를 가진바 있다.
교과부가 임시이사파견을 사학분쟁조정위원회에 요청한 것에 대해, 박정원 임시이사공대위원장은 " 임시이사체제로 유지하다가 사학법을 재개정하여 사학분쟁조정위원회가 정이사를 파견하는 권한을 가진 것을 사학법 개정하기 이전으로 되돌려놓으려 하는 것"이라고 비판하였다.
그러나, 10월2일 열린 사학분쟁조정위원회에서는 세종대를 비롯한 4개 대학의 임시이사 선임안을 보류하기로 의결하고, 앞으로 설립자, 직전 이사장, 대학구성원들의 의견을 골고루 청취한 후에 정상화 방안을 논의하기로 하였다.