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검찰은 2017년 10월 19일 긴급조치 제9호 위반 사건 132건 145명에 대하여 검사 직권으로 재심을 하기로 결정했다. 헌법재판소는 2013년 3월 21일 긴급조치 제9호가 '입법목적의 정당성과 방법의 적절성을 갖추지 못하였을 뿐 아니라 죄형법정주의에 위배되고, 헌법개정권력의 행사와 관련한 참정권, 표현의 자유, 집회·시위의 자유, 영장주의 및 신체의 자유, 학문의 자유 등 국민의 기본권을 지나치게 제한하거나 침해하므로 헌법에 위반된다'고 결정했고, 대법원도 2013년 4월 18일 같은 이유로 위헌을 선언했다. 

처벌 근거 규정이 위헌이므로 긴급조치 제9호 위반자들이 재심을 청구하면 모두 무죄가 선고됐다. 검찰은 아직 재심을 청구하지 않은 위반자들을 위하여 재심을 청구하겠다는 것이며, 긴급조치 제1호와 제4호 위반 사건에 대하여도 직권 재심 여부를 결정할 계획이라고 하였다. 대법원은 이미 2010년 12월 16일 긴급조치 제1호에 대하여 위헌이라고 한 바 있다.

사실 19대 국회에서도 2012년 12월 24일 '유신헌법하 긴급조치 위반 유죄판결의 일괄 무효를 위한 법률안'이 발의된 적이 있으며, 당시 국회의 검토보고서를 보면 '재심 개시 결정 및 무죄 선고 등 사법절차의 일부를 생략함으로써 효율적인 피해구제가 가능하다는 장점이 있으나,  사법기관의 권한을 침해하는 것으로 권력분립의 원칙에 반할 우려가 있다'고 하였다. 결국 이 법안은 2016년 5월 29일 19대 국회 임기 만료로 폐기되었고, 촛불의 힘으로 검찰이 직권 재심을 하기로 한 것이다.

제주4·3 군법회의로 수감 생활을 한 희생자 18명은 4월 19일 제주지방법원에 재심청구를 하였다. 이미 제주4·3위원회에서 1948년과 1949년의 군법회의들은 '재판'이라고 명명할 수 있는 그 어떤 절차도 존재하지 않았다고 결론을 내린 바 있다. 현행 제도하에서 군법회의 판결을 다툴 수 있는 방법이 형사소송법상의 재심 청구 밖에 없어서 부득이하게  재심을 청구한 것이다. 

하지만 당장 판결문 등 모든 형사기록을 찾을 수 없어서 재심이 제대로 진행될지 알 수 없는 상황이다. 혹 재심이 잘 진행되어 무죄 판결을 받는다 하여도 그 효력은 재심을 청구한 18명에게만 적용되는 것이며 나머지 재심을 청구하지 않은 희생자들을 구제할 수는 없는 것이다. 그래서 이번에 제주4.3법을 개정하면서 군사 재판 무효 규정(개정법안 제7조의3)을 넣어 모두 무효화시키려는 것이다.