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이에 유족들은 정보공개거부처분취소 소송을 냈고, 2004년 2월 재판부는 "정보가 공개되더라도 국익에 해가 될 우려가 없고, 미군 장갑차에 의한 여중생 사망사건의 진상과 대한민국 검찰의 노력 등에 대해 국민들이 갖고 있는 의혹과 불신을 해소할 수 있는 국가적 이익이 크다"며 원고일부승소 판결을 내렸다.

그러나 의정부지청은 1심 판결에 불복, "정보공개법 제7조에 따라 공개될 경우 주한미군 및 국군의 군사작전수행, 한미양국의 합동군사훈련에 현저한 지장을 줄 뿐만 아니라, 나아가 한미 양국의 군사동맹관계 및 사법당국의 상호신뢰관계가 손상될 우려가 있으므로 비공개대상정보에 해당한다"라며 항소를 했다.

유족들이 요구한 정보공개청구 내용 ① 두 여중생 사건 관련 운전병 마크 워커와 관제병 페르난도 니노 및 중대장, 대대장 등 지휘 책임자들에 대한 의정부 지방 검찰청의 수사기록 ② 미2사단 헌병대 수사기록(피의자 진술서 포함) ③ 25사단 헌병대 수사기록(피의자 진술서 포함) ④ 여중생 사건과 관련한 의정부 경찰서 수사기록 ⑤ 운전병 마크 워커와 페르난도 니노 관제병의 재판 관련 기록 ⑥ 여중생 사건 관련 사고차량에 대한 조사기록 ⑦ X-레이 등 검안의사가 활용한 시신 관련 현장사진(시신사진 포함) ⑧ 검찰 경찰이 보유하고 있는 여중생 사건 관련 현장사진(시신사진 포함) ⑨ 여중생 사건 담당의사 소견서

재판부는 판결문을 통해 "국민의 '알 권리'는 헌법에 의하여 직접 보장되는 권리이고, 정보공개법을 통해 구체적으로 실현된다"며 정보공개의 원칙을 명백히 하면서 "미군들의 인적사항에 관한 정보는 공개될 경우 악용될 가능성과 사생활이 침해될 가능성이 높아 공개대상에서 제외하고 나머지 청구에 대해서는 이유 없으므로 항소를 기각한다"고 판결했다.

이번 판결은 유족들이 직접 청구한 정보공개 소송에서 유족들의 알권리를 우선한 판결이 내려졌다는 점에서 큰 의미가 있는 것으로 보인다.

한편, 법원은 2004년 10월 민주사회를위한변호사모임(민변)이 의정부지청을 상대로 낸 검찰 수사기록 공개 청구 항소심에서 검찰의 항소를 기각 판결한 바 있다.