현재 농산물 품질 인증제와 저농약 인증제는 폐지하고, 국제기준에 맞는 GAP(우수농산물관리제도)로 통합을 유도하고, 전환기 유기농 인증제는 유기농 인증제로 통합하는 것을 주요 골자로 한다.
이번에 폐지되는 '농산물 품질인증제도'는 1992년도에 도입된 제도로 당도, 색상, 신선도를 기준으로 최상품에 대하여 정부가 인증한 제도이다. 하지만 이 제도는 "다른 나라의 사례나 국제기준도 없으며, 소득수준의 향상 등에 따라 소비자의 욕구가 안전성을 중시하는 방향으로 변화하여 정부인증제도로 계속 유지할 필요성이 낮아짐에 따라" 폐지한다고 밝혔다.
1998년에 제정된 '친환경농산물 인증제도'는 저농약, 무농약, 전환기 유기농, 유기농 4가지로 인증이 구분되는데, "인증품의 종류가 다양하여 소비자의 혼란이 야기됨에 따라 전환기 유기농은 유기농으로 통합하고, 저농약 인증은 중단하여" 친환경 인증제도를 단순화 한다.
농림부는 "인증제도를 조속히 정비할 필요성도 있으나, 기존 인증농가에 대한 타 인증제도 전환준비 등을 위한" 농가의 준비기간을 고려해, '농산물 품질인증제도'는 2007년부터 신규인증을 중단하고, 2008년에 폐지한다. 또한 '저농약 인증제'는 2009년부터 신규인증을 중단하고, 2010년에 완전 폐지를 한다.
농림부는 이번 개편으로 "인증농산물의 차별화와 신뢰도의 향상으로 소비자는 제값을 주고 신뢰할 수 있는 농산물을 보다 쉽게 판단하여 구입할 수 있게 되고, 농업인은 생산비에 걸맞은 소득을 올릴 수 있을 것으로 보인다"라고 전망했다.