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▲  2007년 12월1일, 교육부가 세종대 정상화 심의를 위해 주명건 전 이사장의 의견을 들으려 하였으나, 세종대 학생들이 교내 출입을 결사반대하는 집회를 열고 막고 있다.
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세종대학교 정상화추진협의회(교수협의회, 직원노조, 총학생회, 총동문회)는 12월 1일 보도자료를 내고, 지난 10월 21일과 11월 19일 서울동부지방검찰청에 주명건 전 대양학원(세종대) 이사장을 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(업무상 배임)죄로 고소하였다고 밝혔다.

세종대는 2004년 교육부 감사결과(10. 18-11.3), 113억이 넘는 교비를 불법적으로 사용한 것 외에 35개 항목 158건으로 주명건 이사장을 비롯한 이사 전원이 해임되는 등  59명이 징계처분을 받고, 임시이사가 파견되어 운영되어왔다.

그러나 2기 임시이사 임기가 지난 6월30일로 끝나고, 교과부의 대학정상화 방침에 따라 현재 사학분쟁조정위원회에서 세종대 정상화방안을 심의 중에 있다.

당시 교육부는 감사 결과 사립학교법등 관련법의 위반 사항을 검찰에 고발을 했어야 하는데, 고발조치를 하지 않았고,  감사결과 임시이사를 파견하였는데 이사2인과 감사2인은 해임하지 않았고 임시이사7인중 4인을 불법과 비리의 당사자였던 주명건 전 이사장에게 추천하도록 하였었다.

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▲  2007년 2월23일 졸업식에서 세종대 주영하, 최옥자 설립자 부부는 주명건 전 이사장의 비리에 대해 세종대 구성원에게 사과하고 ,아들 주명건 전 이사장이 세종대에 다시 들어오지 못하게 하고 세종대를 세종대 구성원에 맡기겠다는 약속을 발표하였다.
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주명건 전 세종대 이사장을 검찰에 고발한 세종대정상화추진위원회는 "주명건 전 이사장은 불법과 비리를 저지른 적이 없고 오히려 재임기간동안 학교를 발전시켰다는 등의 주장을 하고 있으며, 임시이사가 파견된 2005년 하반기부터 4회에 걸쳐 교육부와 감사원에 민원을 제기, 2008년9월  감사원과 교육부에 제기한 민원이 받아들여져 2008년9월17일부터  9월30일까지 종합감사에 준하는 민원조사를 받게 하였으며, 최근 정이사체제로 전환하여 학교를 정상화시키고자 하는 세종대학교의 노력을 악의적이고 지속적인 방법으로 방해하고 있어" 고발하였다고 밝혔다.

또한 세종대정상화추진위원회는 "주명건 전 이사장은 스스로 참여정부 시절 월간조선 (2007.2)과의 인터뷰와 2007년9월, 교육부를 상대로 제기한 '임시이사선임처분 취소소송'의 소장에서 참여정부와의 밀실협상을 통해 자신이 해임되는 대신 파견될 임시이사 중 4인을 추천하였다고 밝혔으며, 자신의 사돈, 고교동창으로 구성된 임시이사 체제에서 지금까지도 계속해서 특혜와 불법을 저질러 오고 있다"고 밝혔다.

그리고, 고발이 지연된 이유에 대해  "세종대학교 학교 구성원들은 교육부 감사 결과 파견된 임시이사체제에 의해 학교가 조속히 안정될 것으로 생각하였고, 고소. 고발 등 법적. 사회적으로 문제가 커지는 것에 대해 부담을 가지고 있었으며, 기존 2004년 2월 고발사건에서 주명건 전 이사장이 무혐의 처분을 받음으로 인해 참여정부 하에서의 고소 고발의 효과에 대해 의문이 제기되어 온 상태였기 때문"이었다고 밝혔다.

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▲  2006년 6월2일, 주명건 전 이사장의 추천으로 부적격 임시이사가 파견되자 교육부앞에서 부적격 이사 퇴진을 요구하는 세종대 학생들.
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변창흠 세종대 교수협의회 회장은 "주명건 전 이사장이 반성하는 기미가 없이 세종대 정상화를 방해하고 있어, 주명건 전 이사장의 법적처벌 없이 학교가 정상화되고 안정되기가 불가능하다고 판단하여, 세종대학교 교수협의회와 직원노동조합, 총학생회, 총동문회가 10월21일과 11월19일 두 차례에 걸쳐 서울 동부지방검찰청에 주명건 전 이사장을 고발하였다"며 법대로 처벌받을 것을 원했다.

주명건 전 이사장에 대한 구체적인 고발내용은  "불법적인 이사장 연봉 수령으로 인한 약 8억원의 업무상 횡령 및 배임, 대학출판부 파주사옥 부지 매입 및 건축비 명목의 약 54억 교비횡령, 대학직원 법인 파견근무로 인한 약1억6천 교비횡령, 토지 및 건물 매입에서의 배임 행위, 법인 및 대학의 업무 지장 초래, 법인 직원 등 급여관리 부당으로 학교법인 대양학원에 손해를 입힌 배임, 교육용 기본재산 매각대금 약 4억원 횡령, 수익사업 관리 태만으로 인해 학교법인 대양학원에 손해를 입힌 배임 등 8가지 업무상 배임죄"다.

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▲  2008년 11월6일, 임시이사공대위가 명동성당에서부터 사학분쟁조정위원회까지 거리 행진을 벌이는 중 보신각 앞에서 집회를 갖고 있는 모습
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주명건 세종대 전 이장과 상지대 김문기 전 이사장, 조무성 광운대 초대  총장 등 비리로 재단에서 쫓겨난 구재단 관계자 20여명은 지난 11월28일 사학분쟁조정위원회(사분위)를 비판하는 성명서를 발표하고, 교육과학기술부를 찾아와 현재의 임시이사 체제를 비판하고 분규 이전 이사들에게 이사회 구성 권한을 줘야 한다고 주장한 바 있으며, 사분위의 정귀호 위원장은 4개 대학의 정상화 방안을 내지 못한 책임을 지겠다며 사퇴 의사를 밝혔으나 아직 수리 여부는 결정되지 않은 상태다.

한편, 임시이사공대위는 12월1일 오전 11시30분 교육과학기술부 앞에서 '비리재단 하수인을 자처하는 교과부 규탄 기자회견'을 열고 광운, 상지, 세종, 조선대에 정이사를 파견하지 않고 임시이사를 재파견하려 하는 교과부에 대해 '비리재단의 주구 노릇을 즉각 중단하라'는 성명서를 발표하고 교과부를 규탄하였다.

주명건 전 세종대 이사장 무죄 판결

지난 2007년 3월 대법원은 재단 공금을 통해 비자금을 조성하고 횡령한 혐의로 불구속 기소된 주명건 세종대 전 이사장에게 무죄를 최종 확정했습니다. 주 전 이사장은 2004년 세종호텔 등 재단 소유 계열사에서 공사비와 직원 급여를 속이는 수법으로 12억여 원을 횡령한 혐의로 기소됐으나 1심과 2심에서도 무죄를 선고받은 바 있습니다.  재판부는 판결문에서 "(주 전 이사장 혐의와 관련해)검사가 제출한 증거들이 신빙성이 없고 공소 사실을 인정할 증거도 없다"며 "무죄를 선고한 원심 판단이 정당하다"고 밝힌 바 있습니다.