서울시교육청(교육감 곽노현)이 일제고사(국가 학업성취도평가) 실시를 하루 앞둔 12일, '미응시 학생이 소외되지 않도록 대체 프로그램을 마련할 것'을 지시하는 공문을 이 지역 전체 초중고에 보냈다. 그 동안 유보적인 자세에서 벗어나 강원도교육청과 전북도교육청에 이어 일제고사를 대체하는 학교 안 학습을 인정한 것이다.

시교육청은 이날 오후 학교에 보낸 '평가 시행을 위한 정상적 교육과정 운영 안내'란 제목의 공문에서 "학생이 시험에 응시하지 않겠다고 명확하게 의사를 표명하는 경우, 해당 학생에게 대체 프로그램을 마련하여 주기 바란다"고 주문했다. "학생이 소외되지 않도록 하는 교육적 차원"의 조치란 점도 덧붙여 설명했다.

또한 시교육청은 공문에서 "학부모의 교육철학에 따라 명확한 의사를 표시하고 시험에 결시한 학생에 대해서는 '기타결석'으로 처리할 것"을 지시했다. 이는 '체험학습' 참여 등의 방법으로 일제고사에 응시하지 않을 경우 '무단결석'으로 처리하라는 교과부 지침과 상반된 것이어서 양쪽의 마찰이 예상된다.

학교생활기록작성 및 관리지침에 따르면 무단결석은 '태만, 가출, 고의적 출석 거부, 범법행위로 인한 연행과 도피 등으로 결석'하는 것으로 상급 학교 입시 등에서 불이익을 받을 수 있다.

따라서 시교육청은 학생의 불이익을 없애기 위해 무단결석 대신 기타결석으로 처리할 것을 학교에 권고한 것으로 보인다. 기타결석은 '부득이한 개인 사정이나 기타 합당한 사유에 의해 학교장이 인정하는 결석'으로 특별한 불이익이 없다.

한편, 전교조 서울지부(지부장 변성호)는 시교육청의 공문이 내려간 직후 "기타결석을 보장하라는 시교육청의 공문에 따라 체험학습을 이유로 시험에 결시한 학생의 경우 (무단결석을 받지 않도록) 학생을 보호해야 한다"는 내용의 긴급 지침을 소속 조합원들에게 보냈다.