▲중명전(重明殿)서울시 중구 정동 소재. 을사늑약이 강제 체결된 장소다. 을사늑약이 체결된 이후 이토오 히로부미에 의한 통감부 정치가 시작되었고 한의사들은 국가의료시스템에서 강제 축출되었다.
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혜민서가 없어지게 되면서 백성들에 대한 한의진료 혜택이 없어지자 1899년 대한제국은 한의사들이 근무하여 치료하는 국립 내부병원을 만들었는데 여기에서는 양의진료도 같이 시술할 수 있도록 하였다. 그러나 내부병원에서 근무하던 한의사들은 1907년 이토오 히로부미에 의한 통감부 통치 아래에서 일본인 양방의사들에게 쫓겨나게 되었고, 내부병원의 이름도 대한의원으로 바뀌게 되었다.
또 개화파 김옥균은 지석영을 일본에 보내어 종두법을 배워 보급하게 하였는데, 이 지석영은 일제에 의해 강제해산된 한의사들의 모임인 전선의회(全鮮醫會, 1915-1916)의 회장이었다. 이러한 사실은 조선인들 스스로가 한의학과 양의학을 적절히 조화시키고 연구하여 한국만의 독특한 의료시스템을 정착할 수 있는 기회가 있었는데, 일제에 의해 기회가 박탈되었다는 것을 뜻하는 것이다. 지금의 한양방 간의 반목의 역사는 이토오 히로부미에 의해 만들어진 것이나 다름없다.
알렌은 순수한 목적의 의료선교사가 아니었다과거에는 알렌을 조선 정부에서 인정한 최초의 개신교 선교사로, 최초의 양방의료기관을 설립한 미국인 의사로, 조선의 독립을 일관되게 주장한 친한파 외교관으로 칭송하였다. 하지만 최근 알렌에 대한 여러 학자들의 연구가 진행되면서 조선에 들어오게 된 그의 동기가 순수하지 못하였고, 앞으로는 조선을 위하는 척하면서 뒤로는 미국의 제국주의 침탈에 앞장선 최초의 인물이라는 것이 알려지게 되었다.
알렌은 중국에서 의료선교활동을 하려던 중 한국 거주 외국인을 대상으로 수익성있는 사업을 벌일 수 있을 거라는 동료 의사의 권고를 받아들여 1884년에 내한하였다. 1885년 4월 제중원이 만들어진 이후 동료 선교사들과 불화를 겪으면서 선교활동에 환멸을 느끼고 미국의 외교관으로서의 역할을 시작하였다고 한다.
그 결과 1895년에는 운산금광채굴권을, 1896년에는 경인철도부설권을 직접 획득하여 미국의 사업가들에게 넘겼다. '노다지(no-touch)'라는 말을 만들어낸 운산금광채굴권은 40년간 총 900만 톤의 금광석을 채굴하여 총 5600만 달러의 수익을 미국에 건네주었다고 하며, 아관파천을 주선하여 친미세력이 대거 등용된 뒤에는 경인철도부설권을 따냈는데 두 달만에 일본에 넘기면서 약 200만 원의 차익을 챙길 수 있었다고 한다.
1907년 일본에 진 나라 빚 1300여만 원을 갚기 위해 국채보상운동이 벌어졌던 것을 기억할 것이다. 당시 모았던 돈이 약 200만 원이었다고 하니 알렌에 의해 유출된 국부는 상상을 초월할 정도인 셈이다.
또한 전임자의 임기가 남았음에도 미국 정치권에 직접 로비를 하여 주한미국공사가 되었을 정도로 정치적 야심이 있었으며, 재직하는 동안 서울의 전기, 전차, 상수도 등의 이권사업이 미국으로 돌아갈 수 있도록 조언한 수완가이기도 하였다.
알렌은 철두철미하게 미국의 권익을 대변한 외교관이었다