▲예수탄생 장소에 표시된 베들레헴의 별이승철
이 교회를 처음 세운 것은 서기 339년으로 로마가 기독교를 공식적으로 인정한 콘스탄티누스 황제의 어머니 헬레나에 의해서였다. 그러나 6세기 초 사마리아인들의 폭동으로 최초의 교회는 파괴당한다. 그 후 서기 531년에 파괴된 교회를 역시 로마의 유스티니아누스 황제가 재건축하였으나 서기 614년 페르시아가 침략했을 때 교회의 대부분이 파손 당했다.
그 사이 몇 번의 보수공사로 교회는 없어지지 않고 보존되었는데, 그 후 11세기 십자군전쟁 때도 대량 파괴의 위기를 간신히 넘겼다. 이 교회는 그렇게 수많은 파괴의 위험을 견디며 오늘에 이르는 1600년의 기나긴 역사를 갖고 있는 것이다.
이스라엘과 팔레스타인은 지난 1993년 로마 교황청과 이 교회에 대한 불가침 서약을 맺었다. 현재의 교회는 그리스정교회와 아르메니아정교회, 로만가톨릭 등이 분할하여 공동 관리권을 행사하고 있었다.
그러나 최근인 지난 2002년 팔레스타인 무장 세력이 피신해 있던 베들레헴의 예수탄생교회를 이스라엘군이 공격해 국제사회의 비난을 사기도 했다, 이 사건의 근본원인은 이스라엘의 유대교가 아직도 예수를 그들의 메시아로 인정하고 있지 않기 때문에 일어난 일이었다.
교회는 4000여 평의 넓은 부지에 자리 잡고 있었다. 특이한 모습은 교회 안으로 들어가는 문이 너무 작고 낮은 것이었다. 이 문을 '좁은 문' 또는 '겸손의 문'이라고 부르는데 문의 높이가 1.2m 밖에 되지 않아 누구든지 허리와 머리를 숙이고 몸을 낮추지 않으면 들어갈 수가 없게 만들어져 있는 것이다.